处理工作时间违规问题时，以下特殊情况或例外情形会影响处理结果：
1. 特殊行业/岗位工时例外：交通运输、医疗急救等特殊行业，或高级管理人员、外勤人员等特殊岗位，经劳动行政部门批准可实行不定时工作制或综合计算工时工作制，其工作时间规定与标准工时制不同。例如，综合计算工时岗位在周期内某段时间超时工作，但总时长未超法定上限且安排合理休息的，可能不被认定为违规，这会影响违规认定及处理措施。
2. 公司制度合法性例外：若公司规章制度未经过职工代表大会或全体职工讨论、未与工会或职工代表平等协商确定，也未公示告知员工，即便员工违反该制度，公司依据此制度的处理也可能因缺乏合法性基础而无效，无法约束员工。
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工作时间违规可能面临以下法律风险，结合实例说明：
1. 公司处理程序违法风险：若公司在员工违反工作时间规定（如迟到）后，未核实特殊情况、未依据公示制度直接扣发全部奖金，员工可申请劳动仲裁，要求补发奖金并索赔。
2. 超时用工赔偿风险：用人单位长期要求员工每日工作10小时且未补休或支付加班费，劳动行政部门调查核实后，会责令支付加班费，并按应付金额50%-100%加付赔偿金。
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工作时间违规的法律依据主要源于《中华人民共和国劳动法》，结合具体条款分析如下：
- 《劳动法》第三十六条：“国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。”
- 《劳动法》第三十八条：“用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。”
若用人单位违反上述规定（如每日工作超8小时且未补休、每周超44小时），即构成违法。
- 《劳动法》第四条：“用人单位应当依法建立和完善规章制度，保障劳动者享有劳动权利和履行劳动义务。”
公司可通过合法规章制度规范员工行为，但制度需经民主程序制定并公示。
综上，用人单位或员工违反工作时间规定，均可依据上述条款判断行为性质及处理方式。
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工作时间违规的处理方式需结合具体情况判断，不同情形处理如下：
1. 考勤类违规（迟到、早退、旷工）：公司可依据经民主程序制定并公示的规章制度，视情节给予警告、记过等处分；若制度明确与薪酬挂钩，可扣减工资，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。
2. 安全生产违规（违规操作、未佩戴劳保用品）：公司应先进行安全教育培训，若再次违规或造成严重后果，可依据制度采取降职、解除劳动合同等处分，员工还需承担相应经济损失赔偿。
3. 用人单位违规（超时加班、未保障休息）：劳动者有权向劳动行政部门投诉，部门会责令改正并警告、罚款，劳动者还可要求支付加班费或补休。

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